Существенным недостатком налоговой системы России признаются ее нестабильность и неурегулированность. Законы о введении нового режима налогообложения зачастую принимаются или изменяются в течение финансового года. Отсутствие нормативного регулирования вновь возникающих отношений приводит к тому, что существующая ниша заполняется различными подзаконными актами, разъяснениями и толкованиями налоговых органов и судебной практикой.

Среди форм и методов налогового контроля преобладают камеральные, документальные и встречные проверки. Система компьютеризированного учета и контроля налогоплательщиков и объектов налогообложения на основе обмена данными государственных органов и обязанных лиц только формируется. В ближайшее время планируется создание глобальной системы персонального налогового учета всех физических лиц, проживающих, получающих доходы и имеющих иные объекты налогообложения на территории России.

Права налогоплательщиков как при уплате налогов, так и при применении к ним ответственности, а также способы защиты их прав и интересов перед государственной машиной ограничены несовершенством нормативной базы и отсутствием каких-либо гарантий от незаконных действий и возмещения убытков. Обязанности налогоплательщиков значительно превосходят по объему их права.

Особенностью российской налоговой системы необходимо назвать и жесткость, по сравнению с зарубежными налоговыми системами, финансовых и административных санкций за нарушения налогового законодательства. Привлечение к ответственности преследует исключительно фискальные цели и не учитывает требований обоснованности, виновности и справедливости. Ответственность государства перед налогоплательщиком в случае неправомерных действий государственных органов и должностных лиц практически отсутствует и существует лишь в декларативном состоянии.

С другой стороны, повсеместно можно назвать низкий уровень культуры налогоплательщиков и налоговой дисциплины. Приведенные основные характеристики свидетельствуют о том, что, несмотря на динамичное развитие в течение последних пяти лет, уровень налоговой системы России по сравнению с налоговыми системами развитых стран остается невысоким. Все это говорит о необходимости качественного реформирования сложившейся налоговой системы Российской Федерации.

По словам И. Горского, наша налоговая система по набору налогов отвечает мировым стандартам. Налоги на имущество, доход и потребление составляют костяк любой податной системы. Других практика просто не знает. В структуре налогов ведущее место занимают налоги с предприятий при незначительной доле личного подоходного налога. Данное обстоятельство сложилось исторически, и дальнейшие сдвиги возможны только вместе с развитием отечественной экономики и ее сегментов.

При рассмотрении вопроса о системе налогов Российской Федерации необходимо обратиться непосредственно к ст. 18 Закона об основах налоговой системы, которая предусматривает следующие виды налогов, взимаемых на территории России:

а) федеральные налоги;

б) налоги республик, находящихся в составе Российской Федерации, и налоги краев, областей, автономной области, автономных округов;

в) местные налоги.

Данная трехуровневая система присуща практически всем государствам, имеющим федеративное устройство.

Статья 13. Федеральные налоги и сборы

К федеральным налогам и сборам относятся:

1) налог на добавленную стоимость;

2) акцизы на отдельные виды товаров (услуг) и отдельные виды минерального сырья;

3) налог на прибыль (доход) организаций;

4) налог на доходы от капитала;

5) подоходный налог с физических лиц;

6) взносы в государственные социальные внебюджетные фонды;

7) государственная пошлина;

8) таможенная пошлина и таможенные сборы;

9) налог на пользование недрами;

10) налог на воспроизводство минерально - сырьевой базы;