Помимо проблем, связанных с чрезмерными масштабами научных исследований в СССР, наибольшей критике западных экспертов подвергалось разграничение между научной и преподавательской деятельностью. Хотя российское правительство считало, что для поддержания научных исследований на должном уровне прежде всего, необходимы деньги, оно в течение более чем трех лет пыталось найти способы, как при минимальных затратах сохранить по возможности максимальное число научных направлений. В то же время любое решение, связанное с выделением средств, давалось ему с таким трудом, что его подходы к проведению инновационной политики представляли, скорее, академический интерес для иностранцев, нежели реальный для россиян. Российские же ученые связывают с деятельностью правительства длительные отпуска без сохранения содержания и резкое сокращение обещанного финансирования запланированных исследовательских программ. Тем не менее, некоторые инициативы правительства заслуживают внимания. Они могли бы оказать прямое или косвенное воздействие на непосредственное распределение и использование ресурсов; в долгосрочной перспективе они послужат решающими факторами выбора направлений научных исследований в стране.

Министерство науки и технической политики РФ и его Центр исследований и статистики науки в 1993-1997 гг. представили ряд докладов, содержащих детальный анализ ситуации в сфере науки в России. В них констатировались: неуклонный спад совокупных расходов на науку, составляющих ныне менее 0,5% ВВП, в то время как в большинстве индустриальных стран эта доля равна 1,5-2,5%, а также сокращение (примерно на 8% в год) численности занятых в науке при том, что почти ни один из более чем 4500 институтов не был закрыт.

После того как проблемы российской науки были открыто признаны, Министерство науки и технической политики РФ выступило с идеей создания большого числа государственных научных центров. Предполагалось, что эти центры получат приоритетную финансовую поддержку в смысле как выделения бюджетных средств, так и предоставления им налоговых льгот. Они рассматривались в качестве опорных структур российской науки и должны были выжить независимо от финансовых кризисов, с которыми сталкивалась страна в целом. В принципе идея неплоха. Проблема, однако, заключается в больших размерах названных центров: штат некоторых превосходит 5000 человек, причем далеко не все работники трудятся эффективно. Таким образом, реализация данной идеи на практике будет фактически означать увековечение той самой проблемы, решению которой она призвана способствовать. Следовало бы сохранить лишь наиболее продуктивные лаборатории; крупные институты должны закрывать лаборатории, если отдача от них невелика.

Министерству нужно оказывать финансовую поддержку не более чем 20% лабораторий каждого из центров, запретив перераспределение ресурсов из этих лабораторий в другие подразделения центра. Отдельные выбранные лаборатории могли бы организационно выделиться из состава своих институтов. Министерство при решении вопроса о поддержке тех или иных исследований весьма активно использует западные методики экспертных оценок. Примером такого «нового» подхода, при котором делается упор на детальный анализ предложенных научных тем экспертами, считающимися объективными, является программа Российского фонда фундаментальных исследований. Хотя бюджет Фонда должен составлять 4% общих расходов на науку, в 1994 г. он был меньше 1,2%. Тем не менее, Фонд играет важную роль в финансировании научных исследований, выделяя гранты размером до 10 тыс. долл. в рублевом эквиваленте отдельным ученым или небольшим научным коллективам. Эффективность и объективность экспертизы Фонда заслуживают высокой оценки: им без колебаний отвергаются плохо обоснованные заявки на получение гранта, представленные российскими академиками.

Приоритетной для многих министерств областью была разработка программ конверсии научных исследований в ряде институтов, на протяжении десятилетий зависевших от оборонных заказов. К сожалению, слишком незначительное число НИИ может похвастаться успехами в этой области. Кроме того, институты израсходовали большую часть фондов, выделенных из отечественных источников на проведение конверсии НИОКР. Обещания правительства создать крупные конверсионные фонды как на правительственном уровне, так и в рамках отдельных министерств остались невыполненными. Поэтому институты стали концентрировать свои усилия на попытках продать собственные разработки за границу.

С началом «гласности» и «перестройки» в 1985 г. западные правительства и частные организации значительно расширили сотрудничество с российскими научными учреждениями. Возросший интерес был обусловлен убежденностью в том, что можно извлечь существенные выгоды путем заимствования советских научно-технических достижений. Иностранные коммерческие фирмы искали технологии, которые могли бы послужить основой создания новых производственных процессов либо способствовать уменьшению издержек старых как на международном, так и на советском рынках. Кроме того, американское, японское и европейские правительства стремились привлечь советские институты к участию в проектах, наиболее важных для всего международного сообщества и касающихся охраны окружающей среды, выявления и профилактики заболеваний, улучшения системы транспорта и связи, разработки энергетических ресурсов. Когда Россия обрела статус независимого государства, на Западе повысилась заинтересованность в научном сотрудничестве с ней. Многие политики считали, что западные эксперты смогут помочь российским ученым и инженерам отказаться от привычек, сложившихся при старой командной системе. Запад был также очень озабочен возможностью неконтролируемого распространения российских военных технологий, в том числе производства оружия массового уничтожения и средств его доставки.