Средства федерального фонда финансовой поддержки регионов составляют в структуре доходов бюджета 44,9 % или 1474205 тысяч рублей, что свидетельствует о недостаточной финансовой самостоятельности области.

Практика ряда лет показывает, что в процессе исполнения федерального бюджета фонд финансовой поддержки регионов субъектов РФ формируется в суммах, существенно меньших, чем предусматривалось при утверждении федерального бюджета и субъекты Федерации недополучают значительные суммы, из-за чего они вынуждены сокращать свои расходы.

В Сахалинской области право введения изменений областной бюджет принадлежит губернатору Сахалинской области. В течение финансового года вносится не менее двух изменений в закон о бюджете Сахалинской области.

Согласно проекту закона Сахалинской области о бюджете на 2001 год, предельный размер дефицита бюджета установлен в сумме 161428 тысяч рублей или 8,9 % от объема доходов бюджета без учета финансовой помощи из федерального бюджета.